「その他有価証券」の決算時における評価方法に、「全部純資産直入法」と「部分純資産直入法」というものがあります。
時価のある「その他有価証券」の評価差額（期末時価と取得価額との差額）についての会計処理方法ですが、仕訳例で示すと分かりやすいと思いますので、それぞれ以下に記載します。
全部純資産直入法
全部純資産直入法とは、 その他有価証券の評価差額の合計額を純資産の部に『その他有価証券評価差額金』として計上する方法をいいます。
仕訳で表すと、以下のようになります（なお、ここでは税効果会計は考慮しておりません）。
（例1）X社株式（その他有価証券、取得価額10,000円）の期末時における時価が12,000であった場合（含み益があるケース）
借方）投資有価証券（X社株式） 2,000 貸方）その他有価証券評価差額金 2,000
（例2）Y社株式（その他有価証券、取得価額5,000円）の期末時における時価が4,000であった場合（含み損があるケース）
借方）その他有価証券評価差額金 1,000 貸方）投資有価証券（Y社株式） 1,000
なお、評価差額については洗替方式に基づくこととされていますので、翌期に洗い替えの仕訳（期末時と反対の仕訳）を行うことになります。
借方）その他有価証券評価差額金 2,000 貸方）投資有価証券（X社株式） 2,000
借方）投資有価証券（Y社株式） 1,000 貸方）その他有価証券評価差額金 1,000
この一連の仕訳を通じて、期末の貸借対照表上、時価で有価証券を評価するのが全部純資産直入法です。
部分純資産直入法
部分純資産直入法とは、 時価が取得原価を上回る銘柄に係る評価差額は純資産の部に計上し、時価が取得原価を下回る銘柄に係る評価差額は当期の損失として損益計算書に計上する方法をいいます。
仕訳で表すと、以下のようになります（ここでも税効果会計は考慮しておりません）。
（例1）X社株式（その他有価証券、取得価額10,000円）の期末時における時価が12,000であった場合（含み益があるケース）
借方）投資有価証券（X社株式） 2,000 貸方）その他有価証券評価差額金 2,000
（例2）Y社株式（その他有価証券、取得価額5,000円）の期末時における時価が4,000であった場合（含み損があるケース）
借方）投資有価証券評価損（※） 1,000 貸方）投資有価証券（Y社株式） 1,000
（※）投資有価証券評価損は損益計算書上、営業外費用の区分に計上します。
こちらでも評価差額については洗替方式に基づくこととされていますので、翌期には洗い替えの仕訳を行うことになります。
借方）その他有価証券評価差額金 2,000 貸方）投資有価証券（X社株式） 2,000
借方）投資有価証券（Y社株式） 1,000 貸方）投資有価証券評価損 1,000
税務上の取扱いに注意
その他有価証券は、税務上の期末評価は原価法によります（時価評価は行いません）。
したがって、 部分純資産直入法を適用した場合の評価損は、税務上は損金不算入という取扱いとなりますのでご注意ください。